1941. gada 26. jūnijā Daugavpili ieņēma vācu armija, un jau pēc dažām dienām sākās ebreju vajāšana. Par pirmo lielāko ebreju iznīcināšanas vietu kļuva tā dēvētais Dzelzceļnieku dārziņš aiz pilsētas cietuma, kur tika nošauti vairāk nekā 1000 vīriešu vecumā no 16 līdz 60 gadiem.
1941. gada 15. jūlijā tika izdota pavēle, ka visiem ebreju tautības iedzīvotājiem 10 dienu laikā jāpārceļas uz tilta nocietinājuma teritoriju, kur izveidoja geto (mūsdienās — Daugavgrīvas cietums). Dažādos avotos minēts, ka geto tika ieslodzīti aptuveni 14 tūkstoši cilvēku — Daugavpils iedzīvotāji, bēgļi no Lietuvas, kā arī ebreji no Krāslavas, Grīvas, Višķiem, Indras, Dagdas, Ilūkstes apriņķa un citām Latgales pilsētām.
Uz 1941. gada 5. decembri geto bija palikuši 962 cilvēki, bet pēc pusgada — 1942. gada 1. maijā —, piedaloties V. Arāja komandai un vietējiem policistiem, tika nogalināti gandrīz 500 ebreju. Dzīvi palika 487 cilvēki. Viņi tika pārvietoti uz Daugavas labo krastu, uz cietoksni, kur strādāja darbnīcās.
1943. gada 28. oktobrī vēl palikušos ieslodzītos nosūtīja uz Rīgu, Kaizervaldes rajonu. Savukārt 1944. gada rudenī pēdējos Daugavpils geto ieslodzītos ar tvaikoņiem nogādāja Dancigā (Polijā) un pēc tam ievietoja dažādās nometnēs — Bergenbelzenē un Štuthofā. Izdzīvoja aptuveni simts ebreju, un daļa no viņiem pēc kara atgriezās Daugavpilī.
2015. gada 6. septembrī geto teritorijā, līdzās Daugavgrīvas cietumam, Daugavpils ebreju kopiena atklāja pieminekli ar uzrakstu angļu, latviešu, krievu un ivrita valodā: “Geto ieslodzīto piemiņai. Šeit no 1941. gada 15. jūlija līdz 1942. gada 1. maijam atradās Daugavpils ebreju geto.”
Pieminekļa skici izstrādāja mākslinieki Juris Pundurs un Līga Čible. Pieminekli izgatavoja Igors Manžos. Materiālus tā izveidei nodrošināja Daugavpils uzņēmums SIA “Kvarcits”.