Истоки Илукстской лютеранской церкви восходят к далекому 16 веку. В то время Селия была лютеранской землей.
По приказу герцога в 1568 году в Илуксте была построена лютеранская церковь, но просуществовала она довольно недолго. Когда дворянин с Пилскалне обратился в католичество, и последний лютеранский пастор в Илуксте граф Янис Зибергс умер, будучи католиком, в 1635 году церковь была передана католикам, что было навечно подтверждено польским королем Владиславом IV. После одобрения пожертвования Илукстская лютеранская церковь была присоединена к лютеранской церкви в Лашу.
Илукстская лютеранская община вернула себе церковь в собственность в начале 1990-х годов.